A seguito dei bombardamenti dell’agosto del 1944,
anche la chiesa di Santa Maria Nuova fu seriamente danneggiata con il crollo del campanile e di parte del presbiterio.
Il danno per la città risultò, se possibile, ancora più doloroso perché la chiesa custodiva – oltre al celebre coro ligneo intarsiato della fine del XV secolo- preziosissime opere di Giovanni Santi e del Perugino, così come una tavola (la celebre predella) nella quale molti studiosi ravvedono la giovane mano di Raffaello.
Le opere di ricostruzione della chiesa, condotte sin dal 1945, coinvolsero successivamente anche l’interno dell’edificio. Il progetto per la costruzione di un nuovo grande organo, rispondente ai criteri del gusto corrente, fu voluto da P. Francesco Talamonti – allora Guardiano del convento- che commissionò lo strumento alla celebre ditta Mascioni di Cuvio. L’ organo Vincenzo Mascioni di Cuvio, opera 776, progettato dal fanese m° Igino Tonelli, canonico e organista della cattedrale locale, fu inaugurato il 6 dicembre 1959 con un concerto del francescano m° Alessandro Santini.

È uno strumento a trasmissione totalmente elettrica, composto da 2952 canne collocate all’interno di due grandi camere sulla parte sinistra del presbiterio (le canne di facciata sulla destra sono state posizionate per simmetria estetica) e da una consolle lignea su podio con ruote, collocata al centro dell’antico coro ligneo e traferibile fin innanzi l’altare maggiore. Ha tre manuali di 61 tasti (Do1-Do6) e pedaliera di 32 (Do1- Sol3) e consta di vari comandi, completati quest’anno dalla installazione di un Sequenzer elettronico per la gestione
delle combinazioni aggiustabili ad uso dei concertisti.
Questo meraviglioso strumento è in perfette condizioni.
Lo stesso m° Igino Tonelli, in una lettera
del 19 luglio 1959 diretta a Giovanni Mascioni,
ne sintetizzava i pregi: “Padre Franca a cui avevo dato la buona notizia della aggiunta delle Aggiustabili Particolari nell’organo di Santa Maria Nuova, mi scriveva che così si poteva dire un modello perfetto di “Organo Moderno”! Certo, a riguardarne tutta la struttura, c’è proprio da incantarsi.”